As fases de limpeza e desinfecção dos reservatórios incluem o fechamento de registros e o desligamento das bombas. É necessário também esvaziar a caixa em quase sua totalidade, para que seu fundo possa ser limpo. Sujeiras como restos de construção, insetos e lodo podem ser encontrados no local e devem ser retirados com pás de plástico, baldes ou bombas de sucção. Durante processo de limpeza um tampão deve impedir a passagem de detritos à tubulação das unidades..
Depois disso, é preciso voltar a atenção às paredes do reservatório. Uma determinada quantidade de ipoclorito de sódio (cloro) ou de água sanitária deve ser adicionada à água limpa.
- Esgotamento total das caixas com sistema de moto-bomba.
- Escovação das paredes internas das caixas com remoção total dos detritos que se acumulam nas mesmas.
- Aplicação de Cloro líquido.